De hedendaagse Margarethakerk van Nieuwenhove dateert van 1971. De kerk werd gebouwd door de Waregemse aannemer Verstraete, naar een ontwerp van architect Jos Baert uit Kuurne. De nieuwe kerk werd gebouwd rechtover het oude kerkje, waar eveneens de Heilige Margareta vereerd werd. Dit eerste kerkje dateerde van 1894 en werd, na de bouw van de nieuwe kerk, gesloopt in 1973. De officiële oprichting van de parochie gebeurde in 1935.
In 1542 bouwde Jan van der Vichten, heer van de heerlijkheid Nieuwenhove, een kapel voor zijn kasteel die later ook voor de buren toegankelijk was. Van toen af waren er regelmatig kerkelijke moeilijkheden tussen de Ninovieten en de geestelijkheid van Waregem. Als er geen diensten waren in Nieuwenhove, betaalden ze zelf een celebrant, liever nog dan naar 'het verre' Waregem te moeten gaan. Tenslotte besloten ze in 1893 zelf een kerk te bouwen. De 180 Ninovieten gingen zelf hun stenen halen op de steenbakkerij De Kabeljauw. De legende wil dat de Nieuwenhovenaars speciaal een ommetoerke maakten met hun stenen langs de markt van Waregem om de Waregemnaars de ogen uit te steken.